## 研究背景

尊重生物技术的发展，Olink邻位延伸分析（Proximity Extension Assay, PEA）技术为高质量多重蛋白质分析提供了强有力的工具，特别适用于来自人类和小鼠模型的类器官、诱导多能干细胞（iPSC）、细胞系和条件培养基。PEA技术的核心原理是结合两种与寡核苷酸偶联的抗体，它们共同结合在靶蛋白的邻近位置，促使寡核苷酸形成独特的DNA模板，进而通过qPCR进行扩增和检测。该技术在多种样本基质中均表现出色，仅需1μL样本即可获得有效结果，使其在CRISPR基因编辑等多种研究应用中能够提供宝贵的见解，同时保持高质量的数据。

肠上皮细胞（IEC）由于其高增殖率，易受到化疗引发的损伤。这种损伤会对T细胞的行为产生影响，但其具体机制尚不明确。本研究作者利用人类肠道类器官损伤模型探讨了化疗引起的肠上皮损伤对T细胞行为的直接影响。通过对化疗受损的类器官培养基和未处理样本进行PEA蛋白组学分析，研究为后续利用CRISPR探讨相关机制提供了信息。

通过化疗损伤类器官培养基的蛋白组学分析，研究进一步揭示了由间质损伤引起的T细胞活化机制。Gal-9被视为肠道损伤与炎症的潜在生物标志物，同时也是防止损伤和治疗的潜在靶点。后续的研究中，通过使用抗Gal-9阻断抗体或利用CRISPR/Cas9介导的Gal-9敲除手段，可以有效防止肠道类器官损伤导致的T细胞增殖、干扰素-γ的释放及其迁移，为相关治疗提供了新策略。

## 蛋白组学在CRISPR研究中的应用

近年来的流行病学研究显示，大麻的使用增加了心血管疾病（CVD）的风险，但其具体机制尚未明确。Δ9-四氢大麻酚（Δ9-THC）是大麻中的主要精神活性成分，已知其与心血管疾病的发生相关。利用英国生物样本库（UKB）数据分析发现，大麻使用者的心肌梗塞风险显著高于非使用者。Olink针对炎症的Target96 panel蛋白组学分析发现，一系列与动脉粥样硬化及心血管疾病风险相关的细胞因子和趋化因子的水平显著增加。

此外，通过计算机模拟研究发现，染料木黄酮（一种在大豆中广泛存在的异黄酮）可以结合CB1受体并抑制其活性。采用人类诱导多能干细胞源的内皮细胞模型来模拟Δ9-THC诱导的炎症和氧化应激的影响。利用siRNA、CRISPR干扰及染料木黄酮敲低CB1受体的研究表明，这些手段有效减弱了Δ9-THC的生物效应。

## 炎症小体在牙周病中的作用

伴放线菌聚集杆菌（Actinobacillus actinomycetemcomitans）是导致牙周病的关键病原体之一，该菌会引发强烈的免疫反应，从而加速病情的进展。NLRP3炎症小体与牙周病的发展密切相关，不过炎症小体相关蛋白在感染期间如何调节免疫反应尚有待探讨。本研究旨在调查炎症小体相关蛋白caspase-1、caspase-4和NLRP3如何调控牙龈上皮细胞在伴放线菌聚集杆菌感染过程中的免疫反应。

研究人员通过CRISPR/Cas9技术构建了缺失NLRP3、caspase-1或caspase-4的人类牙龈上皮细胞（Ca9-22），并对感染伴放线菌聚集杆菌后CRISPR编辑的牙龈上皮细胞进行PEA蛋白组学分析。与NCTC9710菌株相比，JP2菌株HK1651诱导的IL-1β和IL-1RA释放显著增加，并且促发了更多的上皮细胞死亡，这些现象依赖于caspase-1、caspase-4和NLRP3的活动。

针对炎症相关蛋白的Olink Target96炎症面板分析结果显示，HK1651感染后与未刺激的Cas9和NLRP3缺陷细胞相比，共识别出37种蛋白的表达发生显著变化。结合CRISPR基因编辑与蛋白组学分析的方法为揭示NLRP3在伴放线菌聚集杆菌感染中的作用提供了新的视角，强化了NLRP3作为调节感染过程中免疫反应的关键因素的观点。